Dados do Resumo

Título

Análise da expressão de retrovírus endógenos humanos como biomarcadores no câncer de mama

Introdução

O câncer de mama é a neoplasia mais comum entre mulheres e representa uma doença complexa e heterogênea. O subtipo triplo-negativo possui o pior prognóstico, e o estudo de novos biomarcadores pode beneficiar esse grupo de pacientes. Retrovírus endógenos humanos (HERVs) são sequências de elementos transponíveis que compõem 8% do nosso genoma, e a literatura indica um potencial uso dessas sequências como biomarcadores e alvos terapêuticos no câncer.

Objetivo

Avaliar HERVs como biomarcadores prognósticos e preditivos em datasets públicos e em coorte de câncer de mama triplo-negativo institucional.

Métodos

Foram utilizados dados de RNA-seq de repositórios públicos, no servidor Linux institucional, com arquivos fastq alinhados ao genoma humano hg38. Os arquivos BAM foram anotados com Telescope com a versão retro.hg38.v1, que contém 14.968 sequências de HERVs. As análises foram realizadas no R/RStudio com diferentes pacotes e testes estatísticos apropriados. O infiltrado imune foi avaliado com a ferramenta XCell e correlação com expressão dos HERVs com o pacote corrplot. Curvas de sobrevida em Kaplan-Meier serão feitas com o pacote survival e survminer, utilizando o log-rank test. Análise de regressão de Cox univariada e multivariada será feita com o pacote coxph e representadas com o forestplot.

Resultados

Avaliamos um dataset do GEO (GSE233242) contendo 43 amostras de tumores de câncer de mama com diferentes subtipos pareadas com tecido saudável adjacente, quanto a expressão gênica diferencial de HERVs e correlacionando sua expressão com perfil de expressão de células imunes. Encontramos um conjunto de HERVs com expressão diferente entre amostras de tecido tumoral e adjacente, mas não entre os diferentes subtipos moleculares. Na análise de células do sistema imune, tem diferença significativa na porcentagem de macrófagos, linfócitos B, linfócitos T CD4+ e CD8+ entre as amostras tumorais e tecido saudável.

Conclusões

Nos resultados preliminares encontramos HERVs diferencialmente expressos no câncer de mama e tecido saudável adjacente, corroborando dados da literatura.

Financiador do resumo

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Fundação Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior)

Palavras Chave

Retrovírus endógenos; Cancer de mama; Biomarcador