Dados do Resumo

Título

Avaliação de assinaturas mutacionais para classificar variantes de significado clínico incerto em genes de reparo de DNA em pacientes com câncer colorretal ou de endométrio.

Introdução

Os genes mais comuns associados a síndromes de predisposição hereditária ao câncer colorretal (CCR) e câncer de endométrio (CE) estão implicados em mecanismos de reparo do DNA e, quando alterados, geram padrões específicos de mutações somáticas conhecidos como assinaturas mutacionais tumorais (TMS). Uma percentagem significativa dos testes genéticos em pacientes suspeitos para síndromes de predisposição ao câncer mostra variantes de significado incerto (VUS), o que dificulta o diagnóstico clínico. Estudos recentes demonstraram que a pesquisa de TMS pode ajudar na classificação dessas variantes.

Objetivo

Buscamos avaliar o uso do sequenciamento do exoma completo (WES) para determinar assinaturas mutacionais e classificar VUS em genes de reparo do DNA em pacientes com CCR e CE. Além disso, realizamos análises complementares como a avaliação de perda de heterozigose (LOH).

Métodos

Utilizamos bases de dados de projetos anteriores do grupo (600 pacientes), relatórios do Laboratório de Diagnóstico Genômico (LDG) do A.C.Camargo (2.500 pacientes) e a base de dados clínica do Departamento de Oncogenética do A.C.Camargo (3.000 pacientes). Selecionamos 17 pacientes com presença de VUS detectadas em 8 genes envolvidos em mecanismos de reparo de malpareamento (MMR: MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2; MUTYH, POLE, POLD1, NTHL1) para os quais previamente foram identificadas TMS específicas. Até o momento, realizamos WES em 2/17 amostras utilizando DNA genômico normal (leucócitos) e DNA tumoral (tecido fresco congelado ou fixado em formalina e incluído em parafina). Utilizamos os dados do WES para realizar uma análise de chamada somática, seguida da atribuição de TMS usando a ferramenta "SIGPROFILER Assignment", seguida de uma análise de similaridade de cosseno para determinar a precisão da reconstrução das assinaturas usando um Threshold > 0.90. Finalmente, avaliamos LOH em ambos os genes.

Resultados

Dos 17 pacientes, encontramos: 14 com CCR, e 3 CE. Os 2 pacientes selecionados para WES apresentaram VUS em um dos 8 genes específicos, caso Msig01 (MLH1: c.652T>C) e Msig02 (MSH2: c.947C>A). Encontramos 3 TMS SBS atribuídas a ambas as amostras: SBS1, SBS5 e SBS6, das quais SBS5 apresentou o maior percentual de contribuição com 65% (Msig01) e 59% (Msig02), sendo associada a uma etiologia desconhecida. Para a análise de assinaturas ID, Msig01 foi atribuído ID2 (50%) e ID6 (50%) e para Msig02, ID9 (64.7%) apresentou o maior valor de contribuição. Os valores de similaridade de cosseno foram: Msig01 (0.883) e Msig02 (0.935). A análise de LOH foi negativa para ambas as amostras.

Conclusões

O conjunto de resultados obtidos até o momento indicam que ambas as VUS têm propensão para serem reclassificadas como benignas ou provavelmente benignas. As análises dos demais pacientes do estudo estão em andamento.

Financiador do resumo

FAPESP, CNPq.

Palavras Chave

Síndromes de Predisposição Hereditária ao Câncer; variantes de significado incerto; assinaturas mutacionais