Dados do Trabalho

Título

Abordagem in silico para elucidar biomolecularmente o desenvolvimento das células poliploides cancerígenas gigantes (PGCCs) e potenciais biomarcadores

Introdução

A biologia celular única e holística evidenciou que tumores sólidos e linhagens celulares derivadas destes tumores sob estresse terapêutico ou intrínsecos do metabolismo tumoral, normalmente, respondem com a formação de subpopulações de células cancerígenas com excessiva massa nuclear e citoplasmática, as denominadas Células Cancerígenas Poliploides Gigantes (PGCCs), as quais atuam sobre a progressão evolutiva, resistência e recidiva tumoral que permeiam uma maior agressividade do câncer

Objetivo

Compreender as interações e os mecanismos biomoleculares da formação e desenvolvimento das PGCCs por meio de abordagem de biologia de sistemas com a aplicação de redes de interação proteína-proteína (PPIN) visando identificar potenciais novos biomarcadores para futuros testes in vitro e in vivo.

Métodos

A pesquisa se sustentou em uma abordagem qualitativa e quantitativa, com uma natureza básica e aplicada sobre a validação da busca e desenho experimental in silico. Para tanto, foi aplicada a chave de busca “polyploid giant cancer cells” com filtro para inclusão de somente estudos experimentais, nos seguintes bancos de dados: PUBMED, EMBASE, SCOPUS, Science, Nature, Web of Science, Wiley Online Library e ScienceDirect. Assim, os artigos alcançados foram submetidos a etapa de curadoria manual, etapa atrelada a obtenção, leitura e extração de proteínas referenciadas pelo menos duas vezes nos artigos alcançados. Em seguida, foi desenvolvida a etapa de construção e análise da rede de interação proteína-proteína (PPIN) que foi realizada com base na metodologia publicada em Casotti et al. 2022 (10.51780/978-65-992753-5-7), utilizando-se do banco de dados online STRING versão 11.0 (https://string-db.org) e do software Cytoscape (versão 3.8.2; https://www.cytoscape.org/) e aplicativos.

Resultados

Obteve-se um total de 171 artigos, dos quais foram utilizados um total de 43 artigos, após a aplicação de critérios de inclusão e exclusão. Por conseguinte, foram obtidas 584 proteínas que após seleção pelo Uniprot obtiveram 383 proteínas utilizadas nesta pesquisa. Em seguida, por meio do STRING e Cytoscape, obteve-se uma PPIN com 483 nós, 6472 arestas, 15 módulos, 13 de grau médio, coeficiente de agrupamento de 0,507 e dados funcionais com p-valor<0,05 e baixo FDR. Os aspectos funcionais foram feitos segundo ontologia genética, quanto ao processo biológico, função molecular e componente celular, e vias do KEGG e Rectome, os quais relacionaram as PGCCs com vias de sinalização, transdução de sinal, regulação proteica e enzimática, citoesqueleto, ciclo celular, organelas citoplasmáticas, comunicação e tráfego célula-célula, autofagia, migração celular, plasticidade celular, morfogênese, diferenciação, senescência, resposta ao estresse celular e potenciais biomarcadores.

Conclusões

Este estudo conseguiu alcançar uma elucidação detalhada acerca das singularidades das PGCCs por meio de uma abordagem holística, obtendo-se informações robustas sobre as características fenotípicas e funcionais dessas células que perpassa a sinalização celular, controle do ciclo celular, auto-organização celular e sinalização/biossíntese lipídica, assim como, novos biomarcadores (CTNNB1, HSP90AA1, RPS27A, TP53 e EP300) correlacionados às PGCCs e suas peculiaridades celulares.

Palavras-chave

Células Cancerígenas Poliploides Gigantes (PGCCs), Rede de Interação Proteína-Proteína (PPIN), Biomarcadores.

Financiador do resumo

Não se aplica

Área

Pesquisa básica / translacional