Dados do Trabalho

Título

ANÁLISE DO PERFIL TAXONÔMICO DO VIROMA EM METATRANSCRIPTÔMICA DE ADENOCARCINOMA GÁSTRICO

Introdução

O viroma compreende uma das coleções mais abundantes e diversificadas de microorganismos presentes no corpo humano, e alterações nessa microbiota viral já foram relacionadas com diversas doenças, incluindo o câncer. O câncer gástrico (GC) é o quinto câncer mais incidente do mundo e uma das maiores causas de morte relacionada ao câncer no mundo. A infecção pelo vírus Epstein-Barr (EBV) está fortemente vinculada a vários subtipos de CG, desempenhando um importante papel no processo carcinogênico.

Objetivo

O objetivo do trabalho foi descrever e analisar os perfis taxonômicos do viroma gástrico adjacente ao tumor e tumoral.

Métodos

Para esta pesquisa, aprovada pelo Comitê de Ética do Hospital Universitário João de Barros Barreto sob o número de protocolo 26549614.20000.0018, coletou-se 81 amostras de adenocarcinoma gástrico. Destas, 43 são de tecido tumoral e 38 de tecido adjacente. O RNA foi extraído com TRIzol®, quantificado pelo NanoDrop® e preparado com kit TruSeq. As bibliotecas foram avaliadas pelo TapeStation. O sequenciamento de RNA ocorreu no NextSeq® 500, modo pair-end.
As leituras passaram por controle de qualidade (Trimmomatic v 0.36), mantendo qualidade média >15. O Centrifuge v 1.04-beta identificou o microbioma usando base de dados contendo bactérias, vírus, archaea e genoma humano. O Recentrifuge validou resultados, removendo contaminações. As espécies com confiabilidade >25 foram analisadas utilizando R (v 4.2), gerando gráficos de abundância e análise diferencial.
Para análise de abundância diferencial entre tumor e adjacente, foi utilizado o pacote DESeq2, destacando gêneros de vírus com abundância significativa (|log2FC| > 2, p-adj < 0.05).

Resultados

No grupo tumor, houve a presença exacerbada de EBV, com 20.58% de prevalência. Tanto no grupo tumoral quanto no grupo adjacente, os vírus HERV-K113 e Choristoneura occidentalis granulovirus mostraram destaque em relação à abundância.
Ao comparar os tecidos tumorais e adjacentes, os únicos vírus diferencialmente abundantes foram: Epstein-Barr (Herpesvirus humano 4 tipo 2) e o HERV-K113 (Retrovírus Endógeno Humano K113). O HERV-K113 e o EBV encontram-se aproximadamente 32x e 4096x hiperabundantes no tecido tumoral, respectivamente.

Conclusões

O EBV mostrou diferença de abundância no grupo tumoral, como esperado pela literatura. Porém, um achado interessante foi a diferença de abundância apresentada por HERV-K113, o qual faz parte de um grupo de vírus endógenos humanos, e sua desregulação já foi relacionada a outros tipos de câncer, mas pouco ao CG.
Além disso, a descrição taxonômica também se mostrou valiosa para elucidar melhor a microbiota do câncer gástrico, e espera-se que este estudo possa ter implicações significativas para o desenvolvimento da pesquisa e do entendimento do câncer.

Palavras-chave

Câncer Gástrico, Viroma, Bioinformática

Financiador do resumo

Fapespa, CONVÊNIO Nº 004/2021.

Área

Estudo Clínico - Tumores do Aparelho Digestivo Alto